如何防止黑客利用3389端口远程登录服务器

先查看路由器，关闭不必要的端口映射。更改路由器初始密码，如果他再能登陆上来说明多数是在网络内部。
先做这第一步吧，剩下的再说。

1、从服务器自身安全做起，打补丁、系统和应用升级，安装一个好的杀毒软件。部署安全策略，可以用TCP/ip筛选，只对外开放应用端口（比如80、21），如果你要进行远程管理，可以指定IP。
2、我不知道你的网络环境是如何了，用的什么设备上的公网？路由器和防火墙硬件有吗？在做NAT和策略时只开放最小化业务应用端口。
3、应用程序和网页的安全就得从应用网页角度来分析了，这个没有好办法。有些网页都是用模板做的，难免有后门。。

所谓电脑肉鸡，就是拥有管理权限的远程电脑。也就是受别人控制的远程电脑。肉鸡可以是各种系统,如win,linux,unix等；更可以是一家公司\企业\学校甚至是政府军队的服务器，一般所说的肉鸡是一台开了3389端口的Win2K系统的服务器,所以3389端口没必要开时关上最好。

不要在网络上开通类似外网VNC和远程桌面等功能
把服务器重装，把Windows的防火墙打开。帐号做好管理，密码加强强度。
这样基本上不会有问题
你现在的机器很可能已经被黑客埋了木马在里面了。

要登陆肉鸡，必须知道3个参数：远程电脑的IP、用户名、密码。
说到肉鸡，就要讲到远程控制。远程控制软件例如灰鸽子、上兴等。
肉鸡不是吃的那种，是中了木马，或者留了后门，可以被远程操控的机器，现在许多人把有WEBSHELL权限的机器也叫肉鸡。
谁都不希望自己的电脑被他人控制，但是很多人的电脑是几乎不设防的，很容易被远程攻击者完全控制。你的电脑就因此成为别人砧板上的肉，别人想怎么吃就怎么吃，肉鸡(机)一名由此而来。
如何检测自己是否成为肉鸡
注意以下几种基本的情况：
1：QQ、MSN的异常登录提醒（系统提示上一次的登录IP不符）
2：网络游戏登录时发现装备丢失或与上次下线时的位置不符，甚至用正确的密码无法登录。
3：有时会突然发现你的鼠标不听使唤，在你不动鼠标的时候，鼠标也会移动，并且还会点击有关按钮进行操作。
4：正常上网时，突然感觉很慢，硬盘灯在闪烁，就象你平时在COPY文件。
5：当你准备使用摄像头时，系统提示，该设备正在使用中。
6：在你没有使用网络资源时，你发现网卡灯在不停闪烁。如果你设定为连接后显示状态，你还会发现屏幕右下角的网卡图标在闪。
7：服务列队中出可疑程服务。
8：宽带连接的用户在硬件打开后未连接时收到不正常数据包。（可能有程序后台连接）
9：防火墙失去对一些端口的控制。
10：上网过程中计算机重启。
11：有些程序如杀毒软件防火墙卸载时出现闪屏（卸载界面一闪而过，然后报告完成。）
12：一些用户信任并经常使用的程序（QQ`杀毒）卸载后。目录文仍然存在，删除后自动生成。
13：电脑运行过程中或者开机的时候弹出莫名其妙的对话框
以上现象，基本是主观感觉，并不十分准确，但需要提醒您注意。
接下来，我们可以借助一些软件来观察网络活动情况，以检查系统是否被入侵。
1.注意检查防火墙软件的工作状态
比如金山网镖。在网络状态页，会显示当前正在活动的网络连接，仔细查看相关连接。如果发现自己根本没有使用的软件在连接到远程计算机，就要小心了。
2.推荐使用tcpview，可以非常清晰的查看当前网络的活动状态。